1889年（清光緒十五年）11月，廣州浸信會李濟良牧師、馮景謙牧師、廖德山醫生及美洲歸僑李賢士先生等倡議開辦一所華人基督教學校，使子弟接受基督教之教育。李濟良牧師等18人集於五仙西浸信會福音堂，共籌得開辦費67元。11月28日經開會後定名為「培正書院」，意取「培植教會子弟，免送俗塾，有失正虞也。」並推馮景謙為總理及校長。
1890年正日開館授課，1892年，校址遷往珠光里新建的校舍，並正式改名「培正書塾」。1905年開始改名「培正學堂」。建校初期，經營極度艱苦，先後得到熱心人士捐款以解經濟危機，1907年，在東山興建新校址。1928年11月，依政令改名為（私立廣州培正中學》。
1937年7月抗戰軍興，而東山培正終在1938年10月廣州淪為日軍所佔，9月將中小學遷往澳門分校（澳門分校於1938年成立。1950年，「私立廣州培正中學澳門分校」易名為「澳門培正中學」。1952年，澳校購入盧家花園一部分為永久校址。